通常、工務店などが実施してくれると思います。
ただ、申請から承認が下りるまで時間がかかりますので、急に壊れた等の理由で急に変更する場合は、補助金は、出ないと思います。
補助金以外にもメーカのキャッシュバック等がありますので、購入前に聞かれては、いかがでしょうか？

　私も業者の方がやってくれました。
　5年前の導入時に申し込みをしましたが、その当時は年2回の応募でした。
　一度目の応募で外れたので、そのときは導入時期を遅らせて2度目にして補助金対象枠に入り設置しました。
　現在の補助金額は年々下がってきており、対象機種にもよりますが4万程度の補助が受けられるのですが、昔と違い先着順になっているみたいです。
　詳しくは、日本エレクトロヒートセンターの「エコキュート導入補助金」で検索してみてください。

普通は設置業者がしてくれると思いますよ。

当方は、何もしませんでしたので、1度相談されてみてはいかがでしょうか。

エコキュートの補助金の申請で気をつけなければならないことがあります。「エコポイント」は購入後の申請だけでよいですが、エコキュートの場合は、工事前にハガキで申し込みをして補助金申込書の受理を確認してから、着工に入らなければなりません。また工事期限や申請期限等細かく設定されています。工事完了後に写真をつけて補助金の申請を行います。なおハガキでの申し込みや補助金申請手続きは業者のほうでやってくれますので心配いらないです。平成２２年度補助金枠は例の「事業仕分け」とやらで不明です。昨年は５回に分けて募集が行われ、第１期は４月２３日から募集が始まっています。エコキュートの出始めの時は、普及を促すために、７万円台の補助金が出たそうですが、去年は４１，０００円に減りました。

オール電化にではなくエコキュートに補助金が出ます。
本年度分は終了しているので来年度の発表をお待ち下さい。
http://www.jeh-center.org/ecocute/infomation.html